A New Information Theoretic Approach Shows that Mixture Models Outperform Partitioned Models for Phylogenetic Analyses of Amino Acid Data
本研究利用 Susko 等人提出的边际赤池信息准则（mAIC）对多种经验数据集进行分析，首次直接比较了分区模型与混合模型的拟合度，并发现混合模型在氨基酸数据上具有普遍优势，这对实证分析的解释及未来研究方向具有重要意义。
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Novel female reproductive organ differentiates postmating transcriptional response to insemination versus arrival of sperm in bedbugs
该研究揭示了臭虫中新发现的“中精囊”器官承担了原本属于生殖道的免疫和精液处理等功能，并证明雌性生殖道在交配后的转录响应是由精子到达而非交配行为本身触发的，从而阐明了这一独特生殖策略下雌雄互作的分子机制。
Interallelic cis-regulatory dominance promotes robustness and evolutionary innovation
该研究发现，果蝇中一种多效性发育增强子通过转录枢纽介导的等位基因间相互作用（即转作用）实现了顺式调控显性，这种机制不仅能在杂合子中掩盖降低基因表达的有害突变以维持转录稳健性，还能通过细胞类型特异性释放新的异位活性，从而为二倍体基因组拓展进化路径并促进创新。
Tempo and mode of gene evolution revealed by the Lenski long-term evolution experiment
基于 Lenski 长期进化实验的基因组数据分析表明，在相对稳定的环境中，基因进化遵循“生长相关基因早期快速适应、生存相关基因后期适应”的时序规律，且随着适应进程推进，适应性突变带来的适合度增益递减，导致进化速率普遍下降，这一“收益递减”规律可能是解释进化停滞和中性进化普遍存在的关键机制。
Warming and predation drive rapid evolution of ecosystem functioning but not functional traits
该研究通过为期两年的中宇宙实验发现，尽管全球变化压力（升温和捕食）并未导致水龟虫（*Asellus aquaticus*）的经典功能性状（如体型和代谢率）发生显著的适应性分化，但却驱动了生态系统功能（分解速率）的快速进化，表明环境压力可在数代内通过自然选择或可塑性改变生态系统的功能表现。
Fitness landscapes for species interactions: when do population genetics and adaptive dynamics diverge?
该研究利用数据驱动的微生物互作模型，通过结合解析理论与正向模拟，揭示了在有限时间尺度、突变供给及种群大小等因素影响下，种群遗传学与适应性动力学在预测物种互作进化轨迹（特别是共存稳定性）时可能产生分歧的机制。
Group size modulates kinship dynamics and selection on social traits
该研究通过扩展模型揭示，在具有局部群大小变异的种群中，较小群体内个体随年龄变化的亲缘关系更高且变动更快，从而促使利他或伤害等社会性状的演化（如绝经后帮助行为）在较小群体中更早发生，并表明群大小差异会重塑整个种群的亲缘动态与年龄相关社会特征的演化模式。
Rapid and repeated evolution of myosin copy number in threespine stickleback
该研究揭示了三刺鱼在淡水环境中通过性染色体上的串联重复，快速且反复地进化出肌球蛋白重链基因（MYH3C）拷贝数扩增，这种适应性变异不仅维持了海淡水生态型间的分化，还显著提升了骨骼肌中的基因表达水平。
Transcriptional signatures underlying divergent lifestyles of endophytic and pathogenic fungi in early colonisation of wheat roots
该研究通过转录组分析揭示了小麦内生真菌（*G. hyphopodioides*）与病原真菌（*G. tritici*）在侵染早期截然不同的转录调控策略：前者通过重编程激活应激反应和效应子表达以形成亚表皮囊泡并诱导宿主防御，而后者则通过抑制基因表达和增强木质素降解能力采取“隐身”策略突破宿主木质化屏障。
When South meets North: a joint contact zone coinciding with environmental gradients in three boreal tree species
该研究通过比较三种北欧树种（云杉、白桦和松树）的基因组数据，揭示了尽管物种间存在扩散和定殖历史的差异，但它们在瑞典的南北遗传结构均与环境和气候梯度重合，且各自表现出不同的基因流强度与局部适应遗传架构（如白桦的染色体倒位），从而阐明了基因流与自然选择在塑造森林树木基因组景观及应对气候变化中的协同作用。
Mapping frog genomic diversity on a continental scale
该研究利用北美东部 46 种青蛙的 2,481 个个体的基因组数据，揭示了超过半数物种存在纬度梯度下的基因组多样性分布模式，并建立了一套识别多样性“热点”与“冷点”的通用框架，以指导跨物种的基因组多样性保护优先区划定。
Horizontal transfer promotes allele segregation in multicopy plasmids
该研究通过实验与数学模型证明，接合转移能加速多拷贝质粒等位基因的分离，促使异质宿主快速转变为同质宿主，从而揭示了水平转移是塑造移动遗传元件演化的重要机制。
Ancient transposable elements sustain global ecological adaptation despite chronically low nucleotide diversity
该研究揭示了古老转座子多态性如何在浮萍（*Spirodela polyrhiza*）基因组核苷酸多样性长期匮乏的情况下，通过提供站立变异支撑其全球生态适应，从而解决了这一长期存在的进化悖论。
Estimating the evolutionary fitness of specific synonymous codon changes
该研究提出了一种仅基于多态性数据的新方法，估算了果蝇中所有同义密码子变化的选择系数，结果表明同义突变虽受微弱自然选择（|2Ns| < 2.07）影响，但其选择强度与密码子使用频率、基因表达水平及 mRNA 二级结构稳定性密切相关，从而验证了该方法的可靠性并揭示了同义位点进化的清晰图景。
The Cooperation Ladder: Scale-dependent payoffs and population dynamics create surges, stalls and reversals
该研究通过构建结合多玩家、异质奖励与内源性人口增长的“合作阶梯”理论模型，揭示了人口规模与资源获取阈值之间的动态反馈机制如何驱动人类社会在合作扩张、停滞与倒退之间演化，从而解释了从部落到国家的历史转型差异及现代全球协调难题。
Joint likelihood-free inference of the number of selected single nucleotide polymorphisms and the selection coefficient in an evolving population
该论文提出了一种结合新型近似贝叶斯计算（ABC）工具的方法，用于从实验进化数据中联合推断选择系数和受选择单核苷酸多态性（SNP）的数量，有效克服了基因组连锁导致的信号干扰问题，并能在模拟与真实数据中准确量化推断的不确定性。
A phospholipid transporter in Asgard archaea sheds light on the origin of eukaryotic lipid transfer proteins
该研究发现阿斯克古菌（Asgard archaea）中存在一类名为 StarAsg1 的磷脂转运蛋白，其结构与功能与真核生物 START 结构域脂质转运蛋白高度相似，表明真核细胞复杂的细胞器发育可能得益于其祖先中已存在的膜间脂质转运机制。
Evolution of thyroglobulin: an integrated view of its origin and complexity from a structural perspective.
本研究通过整合生物信息学与结构分析，揭示了甲状腺球蛋白（TG）起源于含 TG 1 型模块的 nidogen 样前体，经基因重复与结构域融合演化为包含 11 个 TG 1 型模块及 ChEL 结构域的复杂多结构域蛋白，且其关键功能特征在包括七鳃鳗在内的脊椎动物演化中高度保守。
Genus-wide homologous recombination of tail fibers maintains tailocin diversity in Pectobacterium
该研究通过泛基因组分析发现，软腐病菌属（*Pectobacterium*）中的类尾噬菌体（carotovoricin）通过跨物种的尾部纤维基因同源重组机制维持多样性，从而在植物感染环境中显著影响细菌群落间的相互作用。
pylifemap: Mapping Data onto the Tree of Life
本文介绍了 pylifemap，这是一个 Python 包，允许用户将自定义数据（如 IUCN 红色名录或宏基因组学数据）以交互式图层的形式直接映射到 NCBI 分类树（Lifemap）上，从而实现对生物数据集的全面可视化与探索。